Archeologiniai tyrinėjimai rodo, kad Alytus ir jo
apylinkės buvo apgyventos neolito epochoje. Archeologas P.Taresenka
rašo, jog truputį žemiau Alytaus, kairiajame Nemuno krante, aptikta
akmens amžiaus sodybos liekanų. Praeitame šimtmetyje, fortifikuojant
Alytaus apylinkes, Bakšių kaime buvo rasta žmonių kaulų ir surinkta IV
a. pabaigos-Va. pradžios žalvarinių papuošalu, kurie pateko į Ermitažo
fondus. 1981-1982 m. Alytaus kraštotyros muziejus šioje vietoje atliko
žvalgomojo pobūdžio kasinėjimus ir aptiko senovinę gyvenvietę.
Tikrinant gyvenvietės kultūrinio sluoksnio storį, rastas didelis
grublėtosios keramikos puodas; O 1974 m., toje vietoje tiesiant
dujotiekį, 1,5 m. gylyje – titnaginis įtveriamasis kirvis [1]. Ši
gyvenvietė užima apie 1 ha plotą.
Alytaus šilelyje, prie
dabartinės tuberkuliozės sanatorijos, yra maždaug 20 apnaikintų VI-IX
amžiaus pilkapių, supiltų iš smėlio. 1959 m. vieną pilkapį kasinėjo
kraštotyros muziejaus darbuotojai ir rado degintinį kapą be įkapių.
Dešiniajame Nemuno krante, Alytupio su Nemunu santakoje, tarp dviejų
gilių griovių stūkso nuo lauko aukštu piltiniu pylimu atskirtas
piliakalnis. Kiek tolėliau vėl du istoriniai kalnai, kuriuos senovėje
vadindavę Vienuolyno ir Varpinės kalnais, nes ten esą buvęs vienuolynas
ir varpinė. Alytaus piliakalnis, ši senovės gyvenvietė, susidedanti iš
dviejų dalių: įtvirtinto kalno, kurio pagrindinė paskirtis buvo
gynybinė, ir gyvenvietės, esančios į pietryčius nuo piliakalnio.
Gyvenvietę nuo piliakalnio skiria gilus griovys. 1985 m. buvo atlikti
gyvenvietės žvalgomojo pobūdžio kasinėjimo darbai. Po kultūriniu
sluoksniu atsidengė pastatų stulpavietės, keli židiniai. Tiriant
kultūrinį sluoksnį, rasta daugybė gyvulių ir žvėrių kaulų, įvairaus
tipo puodų šukių, verpstukų, keli peiliai, kaulinė adata, žvejybos
kablys, kalavijo ašmenų galas ir kita. Rasta labai retai sutinkama
lankinė laiptelinė sagė, datuojama VII amžiumi, ir pentinas iš IX-XII
amžiaus. Visa kasinėjimo medžiaga saugoma miesto kraštotyros muziejuje
[2]. Radiniai leidžia konstatuoti, kad tuo metu Alytus buvo sėsli
gyvenvietė.
Visi šie duomenys rodo, jog Alytuje jau senų
Senovėje buvo susikūręs tuometinis kultūros židinys, apie kurį spietėsi
gyventojai, kūrėsi gyvenvietės, buvo statomos pilys.
Alytaus
apylinkėse esantis tankus piliakalnių tinklas (rajone yra 22
respublikinės reikšmės piliakalniai) sako, kad šiame krašte jau l
tūkstantmetyje buvo tankiai gyvenama. Tai baltų genties istorinė
jotvingių arba sūduvių žemė, vadinama Dainava. Šio krašto gyventojams
teko patirti daug karų. Kryžiuočių ordinas, nuslopinęs prūsų ir
vakariniu lietuviu sukilimą (1260-1274), pradėjo grobti jotvingiu,
žemes. Atkaklų jotvingių pasipriešinimą ordinas palaužė nepaprastai
žiauriai: daug jų išnaikino, dalį prievarta iškėlė j ordino žemes, kiti
paliko kraštą ir persikėlė į Lietuvą. Tuo metu buvo sunaikintos
Rudaminos, Kaukų ir kitos jotvingių pilys. Sūduvos kraštas ištuštėjo,
nuo Nemuno iki ordino žemių virto dykviete ir ilgainiui apaugo ištisa
giria.
XIII amžiuje kryžiuočių ordinui pradėjus veržtis į
lietuvių žemes, prie Nemuno buvo statomos gynybinės pilys. Kada Alytuje
pastatyta pirmoji pilis, iki šiol tiksliai nenustatyta. Spėjama, kad ji
galėjo būti dar Mindaugo laikais. Istorikų teigimu, Lietuvos
kunigaikščio Algirdo laikais (1345-1377) Alytuje buvusi medinė pilis,
kurią kryžiuočiai sudeginę. Alytaus pilis, kryžiuočių vadinama Aliten,
turėjo didelę reikšmę panemunės gynybos sistemai. Pro Alytų ėjo svarbus
kryžiuočiu karo kelias j pietinę Lietuva, todėl miestas ir jo apylinkės
dažnai buvo jų niokojamos. Ypač smarkiai Alytų kryžiuočiai nusiaubė
1377 ir 1392 metais. Alytaus, Merkinės ir kitos panemunės pilys buvo
pirmoji apsaugos linija nuo nekviestų svečių užpuolimo. Alytus
suvaidino nemažą vaidmenį mūsų protėvių kovose su kryžiuočiais.