Kadaise dabartinės apskrities teritorija priklausė Trakų kunigaikštystei, nuo 1413 m. – Trakų vaivadijai. Apskričių, kaip atskirų teritorinių vienetų, bruožai Lietuvoje pradėjo ryškėti XV a., kai pagal Lenkijos pavyzdį analogiški administraciniai vienetai pavadinti pavietais. Po 1564–1566 m. teismų ir administracinės reformos iki XVIII a. pabaigos Dzūkijos
ribos beveik sutapo su Trakų pavieto ribomis, nors Alytaus pavietas G.
Valavičiaus „DLK girių revizijoje” yra minimas 1559 m., tačiau manoma, kad autorius pavieto vardu greičiausiai vadino
tuometinį Alytaus valsčių. Istoriniuose šaltiniuose Alytaus pavieto su
visomis pavietui būdingomis įstaigomis vardas paminėtas 1775 m., kai iš Merkinės ir Trakų į Alytų buvo perkelti pavieto teismai.
1795 m. Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės teritorijoje sudarytos Rusijos imperijos gubernijos buvo suskirstytos į apskritis. Tuometinė Alytaus
apskrities teritorija įėjo į Trakų apskrities sudėtį ir iki 1801 m. vadinosi Alytaus valsčiumi Trakų apskrityje, o 1801 m. tapo viena iš 8 Vilniaus gubernijos apskričių. Kaip ir visoje Rusijos imperijoje, apskričių
pareigūnai vykdė gyventojų policinę priežiūrą, kontroliavo mokesčių
rinkimą. Po baudžiavos panaikinimo 1861 m., apskritys ilgą laiką buvo bajorų luominės savivaldos institucijos, čia vykdavo apskrities bajorų suvažiavimai, vadovaujami apskrities vadovo.
Vokiečiams okupavus Lietuvą, 1915 metais rugsėjį Alytuje įsikūrė „kreishauptmann” – apskrities viršininko įstaiga ir
žandarmerijos nuovada. „Kreis Alita” – Alytaus apskritis – veikė iki 1918 metais spalio. Iš pradžių ji priklausė Suvalkų (Oberostas), vėliau – Vilniaus-Suvalkų, Lietuvos sritims. 1919 m. įstatymu Lietuvoje įkurtos apskritys. Alytaus apskritį 1919 m. sudarė 22 valsčiai. 1941–1944 m. – 12. 1945 m. Lietuva suskirstyta i 41 apskritis, kurios 1947–1950 m. reorganizuotos į rajonus. Alytaus apskritis panaikinta per 1950 m. sovietinę reformą.
1994 m. liepos 19 d. Lietuvos Respublikos teritorijos administracinių vienetų ir jų ribų
įstatymu Nr. I-558 vėl atkurta 10 apskričių. Alytaus apskričiai
priskirta: Alytaus rajonas, Lazdijų rajonas, Varėnos rajonas, Alytus ir Druskininkai (1999 m. savivaldybių reformaDruskininkų savvivaldybę).
1995 metais kovo 1 d. pradėta formuoti apskrities valdytojo administracija. Apskrities
administracijos struktūra suformuota atsižvelgiant į Apskrities valdymo
Įstatymo numatytas funkcijas ir keliamus uždavinius: įgyvendinti
valstybės politiką regioninės plėtros, socialinio aprūpinimo, švietimo,
kultūros, sveikatos priežiūros, teritorijos planavimo, žemės naudojimo
ir apsaugos, aplinkos apsaugos, civilinės saugos ir kitose srityse,
rengti valstybines ir tarpregionines programas, numatant prioritetines
apskrities raidos kryptis. Lietuvos Respublikos Prezidento 2004 metų rugsėjo 15 d. dekretu patvirtintas Alytaus apskrities herbas.