Prieš 20 metų (1991 m. spalio 3 d.) tuomečio Alytaus dekano kunigo, dabar a. a. Juozo Gražulio ir švietimo entuziasto Kęstučio Miliausko iniciatyva Alytaus miesto taryba nusprendė įkurti katalikišką mokyklą Topolių g. 19A statomoje pradinėje mokykloje. Prieš 15 metų (1996 m.) miesto taryba palaimino vidurinę mokyklą, kuri pradėjo veikti rugsėjo 1 dieną. Ir tai ne visa, kiek painoka, dabartinės Šv. Benedikto gimnazijos istorija – savo vardą ji pradėjo naudoti nuo 1998-ųjų, o gimnazija tapo nuo 2006-ųjų rugsėjo 1-osios.
Spalio 7-ąją gimnazijoje vykusiame šventiniame renginyje švietimo įstaigos istorija buvo apžaista turininga programa, kurioje derėjo tiek istorija, tiek dabartis ir, žinoma, gausybė svečių – švietimiečių, dvasiškių, politikų. Teresės Langienės režisuotose, Astos Dabušinskienės ir Roberto Šarknicko vestose iškilmėse tilpo galybė sveikinimų.
LR Švietimo ir mokslo ministerijos švietimo kokybės ir regioninės politikos departamento vyresnioji specialistė Danutė Tarasevičienė padėkas įteikė Irenai Žiūkienei ir gimnazijos direktoriui Vytautui Bigailai. Šis padėkomis apdalino didžiąją dalį Šv. Benedikto bendruomenės – nuo pavaduotojų, sekretorių referenčių iki pedagogų, nuo valytojų, sargų, ūkio dalies darbuotojų ir virėjų.
„O jūs, nežinomos mažosios širdys, kurios pražysite Viešpaties stebuklu, sueikite į vienus meilės ir darbymečio namus atrasti tai, ką vakar jūsų tėvai prarado. Lai skleidžias jūsų gyvenimais Lietuva – labai sunki jūsų rankoms, tačiau tokia lengva jūsų meilei“, – gimnazijos kertinio akmens šventinime ypa pasakęs buvęs Vilkaviškio vyskupijos vyskupas, dabar vyskupas emeritas Juozapas Žemaitis.
Sveikinimo žodžius vienintelei katalikiškąjai Alytaus gimnazijai tarė dvasiškiai – nacionalinės katalikiškųjų mokyklų asociacijos pirmininkas, Vilniaus jėzuitų gimnazijos direktorius, brolis Virgilijus Saulius, Alytaus dekanas kunigas Arūnas Užupis ir kiti. Šventę papuošė gimnazistų meniniai pasirodymai – dainos, šokiai, mokytojų ir svečių prisiminimai, susirinkusius vedžioję po Šv. Benedikto gimnazijos istoriją, vienų talpinamą į 15, kitų – į 20 metų atkarpą.