Traukinys Balstogė-Kaunas-Balstogė stoja ir Šeštokuose.
Papildomai traukiniai Šeštokuose, kuriuos nuo Alytaus skiria per 50 km, nuo spalio 6-osios stoja dėl galimo keleivių srauto augimo, o taip pat geležinkelininkams atsižvelgus į Lazdijų rajono savivaldybės ketinimus priemiestinio autobuso grafiką derinti prie traukinio Balstogė-Kaunas-Balstogė laikų.
Per Šeštokų geležinkelio stotį važiuojantis keleivinis traukinys Kaunas-Balstogė Šeštokuose iki šiol nestodavo, nes geležinkelio stotyje esantis peronas nėra pritaikytas siaurajai europinei vėžei. Todėl Šeštokų gyventojai, norintys keliauti traukiniu, turėdavo vykti į artimiausias traukinio sustojimo vietas – Marijampolę arba Trakiškes Lenkijoje.
Iki šiol Šeštokuose keleiviai negalėjo būti įlaipinami į traukinį dėl saugumo reikalavimų – nebuvo tam tinkamo perono. Nuo spalio 6 d. visi traukinio Balstogė-Kaunas-Balstogė reisai stoja ir Šeštokuose, o keleiviai į traukinį laipinami naudojant specialias traukinių keleivių laipinimo rampas.