Alytaus miesto savivaldybės taryba pritarė vienam iš bendrojo ugdymo mokyklų tinklo pertvarkos žingsnių – nusprendė įkurti pirmąją progimnaziją. Nuo 2014 m. rugsėjo 1 d. ja taps Alytaus Piliakalnio pagrindinė mokykla.
Progimnazija įkurta dėl to, kad mokykloje kasmet mažėjo mokinių skaičius – 9–10 klasių mokiniai išvykdavo mokytis į Alytaus miesto savivaldybės gimnazijas, Alytaus profesinio rengimo centrą, o minėtos klasės buvo blogai sukomplektuotos, mokyklai trūko mokinio krepšelio lėšų.
Piliakalnio progimnazija, kurioje mokysis 1-8 klasių mokiniai, jau įregistruota ir įsikurs mokyklos patalpose Jiezno g. 1. Čia nuo 1956 m. veikė Alytaus 4-oji vidurinė mokykla, kuri prieš dešimt metų tapo Piliakalnio vidurine mokykla, o prieš penkerius metus buvo pertvarkyta į pagrindinę mokyklą.
Alytaus Piliakalnio progimnazija turi nuostatus, kuriais remiantis – turės ir naują vadovą: „progimnazijos direktorius į pareigas skiriamas viešojo konkurso būdu“. Piliakalnio mokykla – ne tik pirmoji progimnazija, tačiau ir švietimo įstaiga Alytuje, kurios teritorija yra aptverta pagal šiuolaikinius reikalavimus.